Sebagaimana ditetapkan melalui Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 82 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan Perencanaan Pembangunan Daerah Provinsi Jawa Timur, Susunan Organisasi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, terdiri atas : Bagan Struktur Organisasi Bappeda Provinsi Jawa Timur
a. Kepala Badan
b. Sekretariat:
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
- Sub Bagian Keuangan.
c. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah:
d. Bidang Pemerintahan dan Pembangunan Manusia
e. Bidang Ekonomi dan Sumber Daya Alam:
f. Bidang Infrastruktur dan Kewilayahan:
g. Kelompok Jabatan Fungsional
