Sebagaimana ditetapkan melalui Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor 71 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan. Adapun Susunan Organisasi Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, terdiri atas : Bagan Struktur Organisasi Bappeda Provinsi Jawa Timur
a. Kepala Badan
b. Sekretariat:
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian;
- Sub Bagian Keuangan.
c. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah:
d. Bidang Pemerintahan dan Pembangunan Manusia
e. Bidang Ekonomi dan Sumber Daya Alam:
f. Bidang Infrastruktur dan Kewilayahan:
g. Kelompok Jabatan Fungsional
