Sekretariat mempunyai tugas merencanakan, melaksanakan, mengkoordinasikan dan mengendalikan kegiatan administrasi umum, kepegawaian, perlengkapan, penyusunan program, keuangan, hubungan masyarakat dan protokol Badan.
Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, Sekretariat mempunyai fungsi:
- pengelolaan pelayanan administrasi umum dan perizinan;
- pengelolaan administrasi kepegawaian;
- pengelolaan administrasi keuangan;
- pengelolaan administrasi perlengkapan;
- pengelolaan aset dan barang milik negara/daerah;
- pengelolaan urusan rumah tangga, hubungan masyarakat dan protokol;
- pelaksanaan koordinasi penyusunan program, anggaran dan perundang-undangan;
- pelaksanaan koordinasi penyelesaian masalah hukum (non yustisia) di bidang kepegawaian;
- pelaksanaan koordinasi penyelenggaraan tugas-tugas bidang;
- pengelolaan kearsipan;
- pengoordinasian dan penyusunan rencana, program, kegiatan dan anggaran Badan ;
- pengoordinasian pelaksanaan Musrenbang (RPJPD, RPJMD dan RKPD);
- pelaksanaan monitoring serta evaluasi organisasi dan tatalaksana; dan
- pelaksanaan tugas-tugas lain yang diberikan oleh Kepala Badan.